Компания «Мельница» была основана в 1999 году Сергеем Сельяновым и Александром Боярским для создания по заказу НТВ четырёхсерийного мультфильма «Приключения в Изумрудном городе». Название выбрали наугад (студия находится на Мельничной улице в Санкт-Петербурге). Компания была учреждена на паритетных началах: 50 % принадлежало Боярскому, 50 % — кинокомпании «СТВ», принадлежащей Сельянову. Управление финансами обеих компаний изначально было общим. Продвижением всех полнометражных работ «Мельницы» занялась принадлежащая СТВ прокатная компания «Наше кино». Помещение для компании было арендовано в одном из зданий «Леннаучфильма». Для своей компании Боярский и Сельянов максимально вложились только в студию звукозаписи и зал Dolby для перезаписи фильмов.