Alisher Navoiyning ota tomondan bobosi Amir Temurning Umar Shayx ismli o`g`li bilan ko`kaldosh (emikdosh) bo`lib, keyinchalik Umar Shayx va Shohruxning xizmatida bo`lgan. Otasi G`iyosiddin Bahodir esa Abulqosim Boburning yaqinlaridan; mamlakatni idora etishda ishtirok etgan. Onasi (ismi noma’lum) Kobul amirzodalaridan Shayx Abusaid Changning qizi.